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摘要:本文件规定了长非编码RNA和蛋白相互作用注释的RIP-seq和CLIP-seq实验技术要求、数据分析流程、结果解释及质量控制方法。本文件适用于从事长非编码RNA与蛋白质相互作用研究的科研机构、医疗机构及相关企业。
Title:Long Non-coding RNA and Protein Interaction Annotation Standard Part 1: RIP-seq and CLIP-seq Practices
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拓展解读
在TCHIA 42.1-2023长非编码RNA和蛋白相互作用注释标准中,RIP-seq和CLIP-seq是两种重要的实验技术。本文将聚焦于新旧版本标准中关于RIP-seq数据分析流程的关键变化,并详细解读这些变化如何影响实际操作。
数据预处理阶段的变化
在旧版标准(假设为TCHIA 42.1-2020)中,对于RIP-seq数据的预处理,主要强调的是去除低质量读段以及适配器序列修剪。然而,在新版标准(TCHIA 42.1-2023)中,增加了对宿主基因组比对后重复序列过滤的要求。这一新增要求旨在提高数据质量,减少假阳性结果的发生。
# 具体实施步骤如下:
1. 数据质量控制
使用FastQC工具对原始测序数据进行初步评估。检查序列长度分布、碱基质量分数等指标是否符合预期。如果发现异常情况,则需进一步优化实验条件。
2. 去除低质量读段与适配器修剪
利用Trim Galore!软件同时完成上述两项任务。该工具能够自动检测并移除污染片段及低质量末端。
3. 宿主基因组比对
将处理后的干净reads与参考基因组进行比对。推荐使用Bowtie2或STAR这样的高效比对器来完成此过程。
4. 重复序列过滤
新增步骤!通过Picard MarkDuplicates工具识别并标记掉那些由PCR扩增引入的重复序列。这样做不仅有助于降低背景噪声,还能更准确地反映真实的蛋白-RNA相互作用位点。
5. 峰呼叫分析
在完成所有前期准备工作之后,可以采用MACS2软件来进行峰呼叫分析。确保设置合适的参数以匹配您的实验设计。
实际应用中的注意事项
在执行上述流程时,有几个要点需要特别注意:
- 确保选用最新版本的软件包,因为它们通常包含了最新的算法改进。
- 如果存在多个样本组别,请务必在同一平台上运行所有样品,以便后续统计学比较更加可靠。
- 对于特定类型的实验(如某些特殊细胞系),可能还需要额外调整某些参数值。
总之,TCHIA 42.1-2023标准通过引入宿主基因组比对后的重复序列过滤步骤,显著提升了RIP-seq数据分析的质量。这一改变反映了科研界对于实验结果准确性的更高追求,同时也为研究人员提供了更为严谨的操作指南。