资源简介
摘要:本文件规定了非编码RNA的分类原则、分类方法及相关信息描述规范。本文件适用于非编码RNA的研究、注释、数据分析及相关应用领域。
Title:Non-coding RNA Annotation Standard Part 1: Classification Information
中国标准分类号:
国际标准分类号:11.060
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拓展解读
今天来聊聊TCHIA 41.1-2023非编码RNA注释标准中关于lncRNA分类的重大调整。与旧版相比,新版将lncRNA从单一类别细分为5个子类,分别是增强子相关lncRNA、反义lncRNA、长间隔内含子lncRNA、环状lncRNA和启动子相关lncRNA。
以增强子相关lncRNA为例,新版标准对其定义进行了严格规范:这类RNA必须与增强子区域重叠至少50%,且其表达模式需与邻近基因的表达呈正相关。在实际应用中,我们可以通过以下步骤对其进行准确注释:
首先,使用ChIP-seq数据鉴定样本中的增强子区域。然后,利用RNA-seq数据分析该区域附近是否存在转录本。接着,通过共表达分析验证该转录本是否与邻近基因表达相关联。最后,结合这些证据判断其是否符合增强子相关lncRNA的定义。
这种细化分类有助于更精准地研究lncRNA的功能机制。例如,在肿瘤研究中,增强子相关lncRNA可能通过调控增强子活性影响癌基因的表达。因此,正确识别这一类lncRNA对于理解肿瘤发生发展具有重要意义。