TCHIA 41.3-2023 非编码RNA注释标准 第3部分：功能及疾病注释

非编码RNA在生物体内具有重要的调控作用，其功能和与疾病的关系一直是研究热点。《TCHIA 41.3-2023 非编码RNA注释标准》对非编码RNA的功能及疾病注释提出了系统性要求。本文聚焦于该标准第3部分中关于“功能注释”条文的变化，通过对比新旧版本，详细解读其修订背景、具体内容及应用方法。

背景与修订动机

在旧版标准中，功能注释主要基于文献报道和实验数据，但缺乏统一的分类框架，导致不同研究团队之间的注释结果难以比较。新版标准引入了更加细化的功能分类体系，并强调了多组学证据的支持，旨在提高注释的准确性和一致性。

新旧版本差异分析

# 旧版标准

旧版标准将非编码RNA的功能分为两大类：调控类和结构类。这种分类虽然简单直观，但在实际应用中存在局限性。例如，许多非编码RNA兼具调控和结构功能，难以明确归类。

# 新版标准

新版标准将功能注释细分为六大类别：

1. 基因表达调控：包括转录水平、翻译水平以及表观遗传修饰等。

2. 信号传导：涉及细胞内外信号传递过程中的作用。

3. 代谢调控：参与能量代谢、物质代谢等生理活动。

4. 免疫应答：在先天免疫和适应性免疫中的具体表现。

5. 细胞命运决定：影响细胞分化、增殖、凋亡等关键决策。

6. 其他特殊功能：如病毒防御、应激响应等未涵盖领域。

此外，新版标准还增加了对功能注释证据等级的要求，分为直接证据、间接证据和推测性证据三个层次。这不仅有助于评估注释的质量，也为后续研究提供了参考依据。

条文应用实例解析

以“基因表达调控”为例，假设我们正在研究一种长链非编码RNA（lncRNA）在肿瘤发生中的作用。根据新版标准，我们可以按照以下步骤进行功能注释：

1. 收集数据：首先需要从公共数据库（如GEO、TCGA等）获取与该lncRNA相关的转录组数据，或者通过实验手段测定其在肿瘤组织中的表达水平。

2. 验证调控关系：利用CRISPR-Cas9技术敲除或过表达该lncRNA后观察目标基因的表达变化。如果发现显著差异，则可以初步认定其具有调控功能。

3. 确定调控机制：进一步开展分子生物学实验，如RNA pulldown、ChIP-qPCR等，明确lncRNA与目标蛋白或DNA序列的具体相互作用方式。

4. 分级注释：根据上述实验结果，若能够直接检测到调控事件，则属于一级证据；若仅能通过间接推断得出结论，则归为二级证据；对于尚无实验证据支持的情况，则标记为三级证据。

5. 撰写报告：最后，按照新版标准格式整理所有信息，包括但不限于lncRNA名称、物种来源、实验设计、数据分析流程及最终结论等内容。

结论

通过对“功能注释”条文的新旧对比可以看出，《TCHIA 41.3-2023》在提升非编码RNA注释标准化程度方面迈出了重要一步。尤其是新增的功能分类体系和证据等级制度，为科研人员提供了更为科学合理的指导原则。希望广大从业者能够充分利用这些资源，共同推动非编码RNA领域的快速发展。